วิธีหนึ่งในการควบคุมการเกิดมลภาวะทางน้ำ ก็คือการไม่ผลิตสารมลพิษทางน้ำ หรือผลิตให้น้อยลงเท่าที่จะทำได้หากเกิดมลพิษทางน้ำขึ้นแล้วจะต้องมีการกำจัดมลพิษในน้ำให้เหลือน้อยที่สุดการกำจัด
น้ำเสียทำได้หลายวิธี ดังนี้

          1. การกำจัดน้ำเสียโดยวิธีธรรมชาติ (self purification)

          ในน้ำจะมีจุลินทรีย์โดยเฉพาะแบคทีเรีย ชนิดที่ใช้ออกซิเจน ทำหน้าที่กำจัดสารมลพิษในน้ำเสียอยู่แล้วโดยธรรมชาติ การย่อยสลายสารมลพิษที่เป็นสารอินทรีย์โดยแบคทีเรียทำให้ลดการเน่าเสียของน้ำ หากมีการควบคุมจำนวนแบคทีเรียให้อยู่ในช่วงที่เหมาะสม ไม่มากจนเกินไป จนทำให้เกิดการขาดแคลนออกซิเจน หรือ
ไม่น้อยจนเกินไป จนเกิดการย่อยสลายไม่ทัน นอกจากนั้นยังต้องควบคุมปริมาณออกซิเจนในน้ำให้มีมากพอ
โดยจัดการให้อากาศในน้ำมีการหมุนเวียนตลอดเวลา เช่น จัดตั้งเครื่องตีน้ำ หรือการพ่นอากาศลงในน้ำเป็นต้น

          2. การทำให้เจือจาง (dilution)

          วิธีนี้เป็นการทำให้ของเสียหรือสารมลพิษเจือจางลงด้วยน้ำจำนวนมากพอ เช่นการระบายน้ำเสีย ลงแม่น้ำ ทะเล วิธีนี้ต้องคำนึงถึงปริมาณของเสียที่แหล่งน้ำจะสามารถรับไว้ได้ด้วย นั่นคือจะต้องขึ้นอยู่กับปริมาตรของน้ำ ที่จะใช้ ในการเจือจาง และขึ้นกับอัตราการไหลของน้ำในแหล่งนี้ วิธีนี้จึงต้องใช้พื้นที่มาก ปริมาตรมาก จึงจะทำให้เกิดความเจือจางขึ้นได้ ตามมาตรฐานสากลนั้นน้ำสะอาด ควรมีค่าบีโอดี 2 มิลลิกรัมต่อลิตร จึงใช้เป็นน้ำดื่มได้ หากค่าบีโอดีมากกว่า 4 มิลลิกรัมต่อลิตร ถือได้ว่าน้ำนั้นมีโอกาสเน่าเสียได้ ส่วนน้ำทิ้งจากแหล่งชุมชน และแหล่งอุตสาหกรรมมีค่าสารแขวนลอย 30 มิลลิกรัมต่อลิตรและค่าบีโอดี 20 มิลลิกรัมต่อลิตร ดังนั้นน้ำทิ้งเมื่อถูกเจือจางด้วยน้ำเสียจากแม่น้ำหรือทะเล 8 เท่าตัว จะทำให้ค่าบีโอดีไม่เกิน 4 มิลลิกรัมต่อลิตร จึงไม่มีความเน่าเสีย

           3. การทำให้กลับสู่สภาพดี แล้วนำกลับมาใช้ใหม่ (recycle)

          วิธีนี้เป็นการทำน้ำเสียให้กลับมาเป็นน้ำดี เพื่อนำมาใช้ต่อไปได้อีก มักกระทำในโรงงานอุตสาหกรรมซึ่งจะมีผลดีเกิดขึ้น คือลดปริมาณของเสียที่ปล่อยออกจากโรงงาน ประหยัดค่าใช้จ่ายในการผลิต เนื่องจากนำน้ำที่ใช้แล้วกลับมาใช้ใหม่ได้อีก น้ำที่นำกลับมาใช้ใหม่นี้อาจมีคุณสมบัติด้อยกว่าน้ำที่ใช้ครั้งแรกดังนั้นจึงนำไปใช้เป็นน้ำทำความสะอาด รดต้นไม้ เป็นต้น

           4. การควบคุมการปล่อยน้ำเสียลงสู่แหล่งน้ำ

          การควบคุมการปล่อยน้ำเสียลงสู่แหล่งน้ำเป็นการป้องกันและลดการนำสารมลพิษลงสู่แหล่งน้ำ กรมโรงงานอุตสาหกรรม กระทรวงอุตสาหกรรม จึงได้กำหนดมาตรฐานน้ำทิ้งจากโรงงานอุตสาหกรรมต่างๆให้มีค่าของสารแขวนลอย 30 มิลลิกรัมต่อลิตร และค่าบีโอดี 20 มิลลิกรัมต่อลิตร ดังนั้นโรงงานอุตสาหกรรมต่างๆ จะต้องตั้งอุปกรณ์กำจัดน้ำเสียและดำเนินการกำจัดน้ำเสีย ให้ได้มาตรฐาน ดังที่กำหนดไว้ก่อนปล่อยลงสู่แหล่งน้ำธรรมชาติ

            การกำจัดน้ำทิ้ง จากโรงงานอุตสาหกรรมเป็นการกำจัดสิ่งปนเปื้อนที่ทำให้น้ำเสียอยู่ในเกณฑ์ต่ำสุดที่จะปล่อย ลงสู่แหล่งน้ำ ตามที่กรมโรงงานอุตสาหกรรม กระทรวงอุตสาหกรรมกำหนดมาตรฐาน น้ำทิ้งจาก
โรงงานอุตสาหกรรม ที่กำหนดให้โดยองค์การอนามัยโลก (WHO) และกระทรวงอุตสาหกรรมของประเทศไทย กำหนดได้ตามตารางมาตรฐานน้ำทิ้งจากโรงงานอุตสาหกรรม

ตาราง มาตรฐานน้ำทิ้งจากโรงงานอุตสาหกรรม

* แต่ละตัวหรือรวมทั้งหมดไม่เกิน 1.0 มก./ล.
(ที่มา: สุมาลี พิตรากูล,2532:248)

             5. การบำบัดน้ำเสีย

             แหล่งน้ำที่เกิดน้ำเน่าเสียแล้ว  จะต้องห้ามทิ้งสิ่งปฏิกูลของเสียลงในแหล่งน้ำนั้นอีก ทั้งนี้เพื่อให้
เวลาน้ำเกิดกระบวนการกำจัดของเสียโดยวิธีธรรมชาติ วิธีนี้ต้องใช้เวลานาน  ดังนั้นจึงสามารถเร่งเวลาให้เร็วขึ้น ด้วยการเพิ่มปริมาณออกซิเจนเพื่อให้แบคทีเรียสามารถทำงานได้ดีขึ้น

             6. การกักเก็บของเสีย ไว้ระยะหนึ่งก่อนปล่อยออกจากแหล่งผลิต (detention)

              วิธีนี้ของเสียจะมีการสลายตัวเองตามธรรมชาติ ในช่วงเวลาที่กักเก็บไว้